возможно из-за неравномерности зажатия колодками(либо смещения диска) диск приходит к вибрации, а при нагреве материалов и этот дефект устраняется.
наждачка тут не панацея, попробуй покататься немного держа тормоз.
возможно кривые ротора, перегретые   

  или камины брак проверь как поршни ходят